Perteneciente al equipo de carreras Honda Europa, McGuinness es un piloto profesional inglés que se ha destacado por su trayectoria dentro de las carreras de ruta, tales como la TT de la Isla de Man y la North West 200; y si se trata de pisas cortas corre para el Padgett Honda Racing Team en el British serie Superstock 1000.
McGuinness nace en Morecambe, Lancashire, el 16 de abril de 1972. Creció entre motos pues su padre era el dueño de una tienda en la que reparaban, precisamente, motos. Sin embargo no le permitió que se metiera en el mundo de las dos ruedas y desde que el muchacho tuvo la fuerza suficiente lo crió como albañil. Para el año de 1990 McGuinness se gradúa, pero a causa de la recesión no puede practicar su carrera y se dedica a trabajar en la pesca de almejas con quien sería su futuro suegro.
Pero McGuinness no cejó en su intento de entrar al mundo del motociclismo, y a sus 18 años tiene su primera carrera de enduro en Aintree, en 1990. Para el año 1996 McGuinness, junto con David Jefferies, hace su primera aparición en el TT de la Isla de Man, al cual estaría ligado durante toda su vida. Aunque en su primera participación termina en decimoquinto lugar, desde entonces cuenta con 23 victorias dentro de esta competencia. Su primera victoria la obtiene tres años más tarde en la carrera ligera de 250 cc, mismo año en el que se convirtió en el
tro veces el récord de la vuelta pura y simple durante el festival. Su récord se situó en 127 933 mph para disfrutar las 37.73 millas de la montaña; por supuesto, antes de que terminara el evento marcó un nuevo récord con 10.69 segundos más rápido que su primera vuelta.
El 2007 también fue un buen año para McGuinness en el TT, pues obtiene victorias en Superbike y Senior TT, con récords de vueltas y de velocidad. El récord de la vuelta pura y simple fue de 17:29.99 de 130 354 mph.
Para 2008 McGuinness consigue su catorceava victoria en la Isla de Man, pues aunque tuvo un poco de desconfianza alcanzó la primera posición en el TT Senior junto a Mike Hailwood, quien terminó en segundo lugar.
McGuinness superó la marca de Hailwood durante la primera carrera en 2009, aun cuando la lluvia se interponía entre él y la victoria en el TT de la Isla de Man. Después de que Cameron Donald había rodado extraoficialmente el curso a más de 131 mph durante la práctica, McGuinness rompió el récord de vuelta de plano por 0.7 segundos, tomando la vuelta registro de 130 442 mph. McGuinness mantuvo a raya a su compañero de equipo Steve Plater por 18.11 segundos para registrar la victoria número quince. Esa fue su única victoria y el podio de la semana; sin embargo lo hizo terminar la semana con un nuevo récord de vuelta pura y simple, y la vuelta más rápida jamás registrada con 131 578 mph en la segunda vuelta de la TT Senior. Una cadena rota le costó la victoria, pues lo dejó fuera de control, pero con todo terminó en segunda posición. También subió al podio en el Gran Premio de Macao.
A sus 43 años de edad el piloto de Honda se llevó el triunfo en la categoría más importante del Campeonato de la Isla de Man en 2015. McGuinness encendió la competencia al romper el récord vigente en ese entonces y llevar la moto a su máxima potencia. Registró en la segunda vuelta una velocidad de 132 701 mph y se corona como el más rápido de la Isla de Man de ese año.
A principios de 2017 tuvo una gran asociación con Honda, y recibió soporte de fábrica en carreras de ruta como la Isla de Man TT, la Northern Irish North West 200, el Gran Premio de Macao y en las pistas cortas de las series británicas Superstock y Supersport.
En mayo de 2017 McGuinness sufrió lesiones graves durante una práctica de una carrera en Irlanda del Norte, lo cual puso fin a su participación en la carrera durante el resto de la temporada. Desde entonces John continúa luchando en las pistas, pero sin lograr todavía una victoria como en los viejos tiempos.